生物除臭的主要原理是利用其中的微生物，它们的生理代谢功能将具有臭味的物质加以转化成为自身所需要的营养物质，从而使废气中的目标污染物被去 除，以达到治理恶臭气体的目的。

      恶臭气体要经过预处理，预处理就是将需要处理的恶臭气体中的微小粒子去 除，同时要进行调温加湿，以更 好的适用生物除臭的环境。然后在生物除 臭箱中会有，许多的生物填料，生物填料中含有大量的微生物，当废臭气体经过不断的扩散运动扩散到介质外层的水膜从而使污染物被介质吸收，介质表面所附着的各种微生物将污染物分解成为自身生长繁殖所需要的营养物质以及分解成一些不会污染环境的二氧化碳，氧气，水等物质。这样，生物除臭箱对于废气的处理就完成了。进入微生物细胞中的有机物在各种细胞内酶的催化作用下，微生物对其进行氧化分解，同时进行合成代谢产生新的微生物细胞。一部分有机物通过氧化分解朂终转化为水、二氧化碳等稳定的无机物。